野菜の洗浄などに使用した水は、ファクトリー内にある排水処理施設に流れこみます。ここ静岡ファクトリーのシンボルにもなっている３基の風力発電機で得たクリーンエネルギーと、水中の有機物をきれいに食べてくれる微生物の力を借りて最終的にメダカが住めるほどの澄んだ水に浄化します。この水質は条例で定められた基準値を大幅に下回っています。